دوره آنالیز ترسیم و آنالیز شبکه ceRNA

استاد دوره آنالیز ترسیم و آنالیز شبکه ceRNA

مهسا احسانی فرد؛ فارغ التحصیل کارشناسی ارشد ژنتیک و متخصص آنالیز داده های بیومدیکال سرطان
مدت زمان دوره: ۹ ساعت و ۴۵ دقیقه
به همراه صدور گواهی مرکز رشد بیوتکنولوژی دانشگاه علوم پزشکی شیراز به زبان انگلیسی

ceRNA ها (RNA های درون زای رقابتی یا competing endogenous RNAs) از RNA های غیر کدکننده ای هستند که می توانند بیان ژن را پس از رونویسی تنظیم کنند. به ارتباطات تعاملی RNA های کد کننده و غیر کننده به صورت mRNA-miRNA-lncRNA در یک شبکه، شبکه ی ceRNA می گویند. این ارتباطات از نوع رقابتی بین miRNAها و lncRNA ها هست که در تنظیم و یا مهار یک پروتئین حاصل از mRNA نقش دارد.
با استفاده از دیتابیس ها و پکیج های R تعاملات miRNA و RNAها پیش بینی می شوند که عموما توسط لیستی از ژن ها و miRNAها ارائه می شوند و ترسیم شبکه ی ceRNA توسط نرم افزار Cytoscape به تصویر کشیده می شود.

اهمیت و کاربرد شبکه ceRNA

محققان شبکه‌های ceRNA را برای شناسایی علائم پیش‌آگهی سرطان‌های مختلف ساخته‌اند. شبکه های CeRNA به روشن شدن نقش بالقوه مولکول های RNA در شروع و پیشرفت سرطان کمک کرده اند. با اتصال گونه‌های مختلف RNA، شبکه‌های ceRNA بینش‌هایی را در مورد تنظیم ژن پیچیده در سرطان ارائه می‌کنند.

موارد آموزشی این کورس آموزشی

این کارگاه/آموزش یک نمای کلی از ارتباطات RNA برای تجزیه و تحلیل شبکه ارائه می دهد. هم مفاهیم نظری و هم کاربرد عملی را با داده‌های مستقل و کد نمونه پوشش می‌دهد. پیش بینی ارتباطات تعاملی RNAها توسط پکیج در R توصیف شده و مفاهیم کدنویسی هر پارامتر ارائه می شود. نحوه ی ترسیم شبکه در سایتواسکیپ و آنالیز آن توسط پلاگین سایتوهابا از نظر پارامترهای مرکزیت شبکه ارائه می شود.

سرفصل های دوره آنالیز ترسیم و آنالیز شبکه ceRNA

• توضیحات تئوری و آشنایی با گرفتن داده های mRNA و miRNA و lncRNA از پایگاه داده
• انتخاب ژن های هاب در آنالیز ژن ها از DEG ها
• انتخاب ژن های هاب با آنالیز اینریچمنت
• انتخاب ژن ها و پروتئین های هاب توسط ppi network از string و سایتواسکیپ
• معرفی و آشنایی با سایتواسکیپ
• رسم شبکه با سایتواسکیپ
• انتخاب hub miRNA / lncRNA توسط آنالیز آنها
• target prediction و interaction
• دیتابیس های RNAinter, miRDB targetscan, NPinter, tarbase, lncbase, …
• معرفی و کار با پکیج و دیتابیس multimir برای تارگت یابی
• آماده سازی جدول اکسل برای رسم شبکه
• معرفی شبکه ی ceRNA
• ترسیم شبکه ceRNA در سایتواسکیپ
• آنالیز شبکه با سایتواسکیپ و پلاگین cytohubba
• پارامترهای centrality analysis (MCC, Degree, Betweenness, Closeness)
• آنالیز شبکه با سایتواسکیپ و پلاگین MCODE
• Subnetwork های پروتئینی