استاد دوره آموزشی Real-time PCR

● دکتر امین رمضانی
استادیار گروه بیوتکنولوژی در دانشگاه علوم پزشکی شیراز
دکترای بیوتکنولوژی پزشکی از دانشگاه علوم پزشکی شیراز

طول دوره آموزشی  : ۱۰ ساعت

قیمت دوره : ۷۵۰.۰۰۰ بصورت نقدی, ۱.۰۰۰.۰۰۰ تومان بصورت قسطی

 

سرفصلهای دوره آموزشی Real-time PCR

 

1. بررسی روشهای مختلف استخراج و تعیین کمیت و کیفیت RNA و DNA و سنتز cDNA مناسب برای تکنیک Real-time PCR
2. روشهای مختلف بررسی بیان ژن و جایگاه تکنیک Real-time PCR
3. مقایسه روشهای End Point PCR و Real-time PCR و مزایا و معایب روش Real-time PCR
4. بررسی روشهای مختلف سنجش میزان محصول در تکنیک Real-time PCR (روشهای اختصاصی و غیر اختصاصی)
5. آشنایی با روشهای کمی سازی در تکنیک Real-time PCR (روشهای Absolute , Relative)
6. نحوه کار با نرم افزار دستگاه Real-time PCR مدل ABI
7. آنالیز دادههای Real-time PCR با استفاده از نرم افزار ABI StepOne
8. بررسی روشهای مختلف محاسبه تغییرات بیان ژن (Fold Change)

 

ریل تایم چیست؟

 

Real-time PCR یا qPCR یکی از روش‌های مهم در بیولوژی مولکولی است که برای شناسایی و کمی‌سازی DNA هدف در نمونه‌های تحقیقاتی و بالینی استفاده می‌شود. این روش با استفاده از یک فلورسنت که به پرایمرهای مخصوص DNA هدف بسته شده است، تعداد دقیقی از کپی‌های DNA هدف را تشخیص می‌دهد.این تکنیک امروزه کاربردهای گسترده ای در مطالعات بیولوژیکی پیدا کرده است به طوری که هر دانشجوی بیولوژی حداقل در بخشی از مسیر علمی خود به آن احتیاج پیدا میکند. از کاربردهای این تکنیک می توان به موارد زیر اشاره کرد.

۱- تشخیص و شناسایی بیماری‌ها: این تکنیک به عنوان یکی از روش‌های مهم در تشخیص و شناسایی بیماری‌ها و عفونت‌های مختلف استفاده می‌شود. مثال نام آشنای این روزهای این روش، کاربرد آن در تشخیص ویروس کرونا ست.

۲- بررسی بیان ژن: ریل تایمPCRبه عنوان یکی از روش‌های مهم در بررسی بیان ژن در سلول‌ها و بافت‌های مختلف استفاده می‌شود. این روش می‌تواند به شما امکان دهد تا میزان بیان ژن‌های خاصی را در شرایط مختلف مانند درمان با داروهای مختلف، تغذیه و وضعیت محیطی مختلف بررسی کنید. مقایسه ی بیان در مطالعات مختلفی چون کشف دارو، کشف بیومارکرها و مطالعات فارماکوژنومیک سودمند است.

۳- شناسایی و شمارش باکتری‌ها و ویروس‌ها: این روش به عنوان یکی از روش‌های مهم در شناسایی و شمارش باکتری‌های بیماری زا همچون Listeria monocytogenesو E. coli و نیز در شناساییی ویروس‌ها استفاده می‌شود.

 

چرا باید ریل تایم را یاد بگیریم؟

 

یادگیری تکنیک های مختلف به شما کمک میکند به یک فرد خبره و ارزشمند در رشته ی خود تبدیل شوید. تکنیک ریل تایمPCR به ویژه در آزمایشگاه های ژنتیک و مولکولی کاربرد گسترده ای دارد و شما با گذراندن این دوره می توانید رزومه ی خود را برای فعالیت در این آزمایشگاه ها تقویت کنید. به ویژه اینکه در کارگاه ریل تایمPCRبیولوژیسم نمونه های گوناگونی توسط استاد دوره بررسی می شوند و شما بعد از شرکت در دوره می توانید خودتان آنالیزهای مربوطه را انجام دهید.

 

توضیح سرفصل های دوره ی ریل تایمPCR:

روشهای مختلف بررسی بیان ژن و جایگاه تکنیک Real-time PCR

 

ژن‌ها، واحدهای اصلی اطلاعات ژنتیکی در سلول‌ها هستند که برای انتقال اطلاعات ژنتیکی از نسلی به نسل دیگر مورداستفاده قرار میگیرند. بیان ژن به معنای ترجمه اطلاعات ژنتیکی به فرآیندهای بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی در سلول است. در واقع، بیان ژن به مجموعه فرآیندهایی گفته می‌شود که باعث ترجمه اطلاعات ژنتیکی به پروتئین‌ها می‌شود، که در نهایت به عنوان مولکول‌های کلیدی در فرآیندهای سلولی عمل می‌کنند. یکی از کاربردهای بررسی تغییر بیان ژن از حالت طبیعی به حالت غیرنرمال کشف اساس مولکولی بیماری هاست. در بسیاری از بیماری ها تغییرات ایجاد شده در سطح بیان ژنها ممکن است باعث تولید فراورده های سمی شود یا محصولاتی تولید کند که در فرایندهای طبیعی بدن اخلال ایجاد میکنند بنابراین بررسی بیان ژنها می تواند در به کارگیری روش های موثر درمانی حائز اهمیت باشد و به طراحی درمان‌های جدید برای بیماری‌های مختلف کمک کند .

بیان ژن می تواند در سه سطحDNA، RNAو پروتئین اندازه گیری شود. تکنیک ریل تایمPCR یکی از مهم ترین تکنیک هایی است که بیان را در سطح RNAوDNAبررسی میکند.مزایایی چون همزمانی تکثیر و کمی سازی، سرعت بالا، دقت، سهولت انجام، تکرارپذیری و حساسیت بالا باعث گسترش روزافزون کاربردهای این تکنیک شده است.

 

بررسی روشهای مختلف استخراج و تعیین کمیت و کیفیت RNA و DNA و سنتز cDNA مناسب برای تکنیک Real-time PCR

 

RNAوDNAی استخراج شده برای استفاده در تکنیک Real-time PCR بایستی به اندازه ی کافی خالص باشد.DNAمی تواند هنگام استخراج، با پلی ساکاریدها، لیپید ها، پلی فنل ها و…آلوده شود. RNAنیز ممکن است با پلی ساکاریدها،DNAو پروتئین آلوده شود. این آلودگی ها می تواند در صحت نتایج تست ها بسیار تاثیرگذار باشند. حضور آلودگی باعث میشود تعدادکپی های ژن کمتر از مقدار اصلی آن برآورد شود.تعیین و بررسی این آلودگی با استفاده از تکنیک الکتروفورز و نانودراپ انجام میشود که در این دوره انواع آلودگی و تفسیر آن و روش های رفع آن به تفصیل توضیح داده شده اند.

 

مقایسه روشهای End Point PCR و Real-time PCR و مزایا و معایب روش Real-time PCR

 

End Point PCR و Real-time PCR هر دو روش های مهم برای تشخیص DNA هستند. که هرکدام مزایا و معایبی دارند.

درEnd point PCRکه برای تکثیر DNA استفاده می‌شود، وجود یا عدم وجود DNA هدف مورد بررسی، به وسیله روش های شیمیایی یا رادیواکتیو تحلیل می‌شوند.این روش نسبتا ارزان است و نیازی به تجهیزات پیشرفته ندارد اما امکان وجود خطاهای ناشی از تفکیک محصولات PCR با استفاده از ژل الکتروفورز وجود دارد.

در روش Real-time PCRبه صورت همزمان با تکثیر، تغییرات DNA را با استفاده از محصولات چرخه‌ها تعیین میشود. در این روش، برای تشخیص و تعقیب DNA، تجهیزاتی مانند دستگاه Real-time PCR و آنالایزر استفاده میشود.  دقت بالا در تشخیص تغییرات DNAو پایداری بالای نتایج از مزایای این روش است.با این حال هزینه بالای تجهیزات مورد نیاز برای انجام این تکنیک، آن را به  روشی حساس تبدیل کرده است که معمولا تنها تکنسین های توانمند و باتجربه قدرت استفاده از آن را دارند.

 

بررسی روشهای مختلف سنجش میزان محصول در تکنیک Real-time PCR(روشهای اختصاصی و غیر اختصاصی)

 

در روش های اختصاصی علاوه بر پرایمر از پروب هم استفاده میشود. این تکنیک ها شاملTaq man،molecular beacon، scorpion، FRETو…هستند.

در تکنیک های غیراختصاصی بیشتر از دو رنگ سایبرگرین واواگرین استفاده میشود. این رنگ ها قابلیت اتصال بهDNAی دو رشته ای دارند و بعد از اتصال از خود نور ساطع میکنند.هرچه محصولPCRزیادتر باشد مقدار رنگ بیشتری تولید میشود.

نحوه ی به کارگیری رنگ های اختصاصی و غیراختصاصی و اصول مولکولی هر روش در کارگاه ریل تایم بیولوژیسم توضیح داده شده اند.

 

آشنایی با روشهای کمی سازی در تکنیک Real-time PCR روشهای Absolute , Relative

 

دو روش Absolute و Relative در کمی سازی در تکنیک ریل تایمPCRاستفاده میشوند.

روش Absolute:این روش برای تعیین تعداد کپی از ژن موردنظر استفاده میشود.برای مثال تعیین تعداد کپی هایHBVدر یک میلی لیتر خون بیمار، وجود یا عدم وجود کرونا در نمونه سواب و…

روش Relative: از این روش در بررسی تغییرات سطح بیان ژن در دو نمونه استفاده میشود.برای مثال تغییر بیان ژنAتحت تاثیر تیمارهای دارویBبا غلظت های متفاوت.

هر کدام از این روش ها ملزومات خاص خود را دارند که در کارگاه ریل تایمPCRکاملا شرح داده شده اند.

 

نحوه کار با نرم افزار دستگاه Real-time PCR مدل ABI

 

دستگاه Real-time PCR مدل ABI یکی از دستگاه های پرکاربرد ریل تایم است. برای کار با این دستگاه، ابتدا باید با نرم‌افزار مربوطه آشنا شوید و آموزش های لازم را دریافت کنید. این دستگاه به صورت همزمان تغییرات DNA را با استفاده از محصولات چرخه‌های تکثیری تعیین می‌کند. مراحل نحوه کار با نرم افزار دستگاه Real-time PCR مدل ABI به اختصار به شرح زیر است:

همه ی مراحل از آماده سازی نمونه گرفته تا تحلیل نمودارها در کارگاه ریل تایم بیولوژیسم آموزش داده شده اند.

 

آنالیز داده های Real-time PCR با استفاده از نرم افزار ABI StepOne

 

با استفاده از نرم افزار ABI StepOne می‌توانید دادههای Real-time PCR را آنالیز کرده و نتایج دقیقی بدست آورید. قبل از شروع به کار با این نرم افزار، باید آموزش های مربوط به کار با آن را مطالعه کرده و با روش‌های مختلف آنالیز دادهها، تنظیم پارامترهای آنالیز، تحلیل داده ها و گزارش دهی آشنا شوید. این مراحل به همراه مثال های عملی در کارگاه آموزشی ریل تایمPCRبیولوژیسم شرح داده شده اند.

 

بررسی روشهای مختلف محاسبه تغییرات بیان ژن (Fold Change)

 

به اندازه گیری تفاوت سطح بیان ژن در دو نمونه ی مختلف در تکنیک ریل تایمPCRاصطلاحاfold change گفته میشود.

یکی از کاربردهای مهم این تکنیک در داروسازی است. از جمله ی این موارد می توان به کشف دارو، کشف بیومارکرها، بررسی سمیت دارو، فارماکوژنتیک و …اشاره کرد

 

 

سوالات متداول

 

 این دوره برای چه کسانی طراحی شده است؟

مباحث این دوره از پایه تا پیشرفته طراحی شده و فراگیر برای شرکت در این دوره نیاز به هیچ پیش نیازی ندارد اما لازم است دید کلی نسبت به علوم سلولی مولکولی و ماهیت زیست شناسی داشته باشد. به طور کلی جامعه هدف اصلی این دوره دانشجویان و فارغ التحصیلان رشته های: زیست شناسی سلولی و مولکولی، زیست شناسی گیاهی، زیست شناسی جانوری، میکروبیولوژی، ژنتیک، زیست فناوری، علوم آزمایشگاهی، بیوشیمی، زیست شناسی عمومی و رشته های وابسته هستند

 

آیا گواهی شرکت در دوره در پایان ارائه می شود؟‌

شما برای دریافت گواهی شرکت در دوره می توانید بین دو گزینه زیر، یکی را انتخاب کنید:

گواهی شرکت در دوره: شما بعد از تکمیل خرید دوره از سایت بیولوژیسم می توانید این گواهی را دریافت کنید. این گواهی به زبان انگلیسی و از طرف مرکز رشد بیوتکنولوژی دانشگاه علوم پزشکی شیراز یا شرکت CellMedExفرانسه صادر میشود. مرکز رشد بیوتکنولوژی دانشگاه علوم پزشکی شیراز زیر مجموعه ی دانشگاه علوم پزشکی شیراز است و داشتن گواهی های این مرکز به تقویت رزومه ی شما کمک ویژه ای میکند.

شرکت بیوتکنولوژیCellMedExنیزیک شرکت بیوتکنولوژی فرانسوی است که طرف قرارداد بیولوژیسم است و به شما گواهی های بین المللی ارائه می دهد که می تواند تاثیر به سزایی در تقویت رزومه تان داشته باشد. این کمپانی به علت اعتباری که در اروپا و آمریکا دارد می تواند برای کسانی که به فکر تحصیل در خارج از ایران هستند گزینه ایده آلی باشد.
** هر دو گواهی به زبان انگلیسی صادر خواهند شد.**

گواهی پایان دوره: این گواهی از اعتبار بیشتری نسبت به گواهی شرکت در دوره برخوردار است و تنها به کسانی اعطا می شود که موفق به اخذ نمره ی قبولی در آزمون پایان دوره باشند. این گواهی نیز همانند گواهی شرکت در دوره از طرف مرکز رشد بیوتکنولوژی دانشگاه علوم پزشکی شیراز یا شرکت CellMedExفرانسه صادر می گردد.

 

آیا دوره دارای پشتیبانی است؟

 

بله، شما بعد از شرکت در دوره می توانید از پشتیبانی علمی خانم فرنوش فرزام  بهره مند شوید. تمام سوالاتتان را می توانید از ایشان در گروه واتساپی که تشکیل می شود بپرسید. همچنین در صورت نیاز کلاس های تکمیلی آنلاین نیز برای شما دانشجویان تشکیل خواهد شد تا هیچ ابهامی برای شما باقی نماند.

 

محتوای دوره چطور در اختیارمان قرار می گیرد؟‌

 

بعد از تکمیل خرید، ویدیوهای آفلاین ضبط شده به صورت یک جا برای شما ارسال میشود و در پنل کاربری شما قرار خواهد گرفت.

آیا امکان پرداخت قسطی هم وجود دارد؟

بله جهت پرداخت هزینه دوره، امکان پرداخت قسطی وجود دارد.