دوره آموزشی آشنایی با زبان برنامه نویسی R

دانلود فایل ضمیمه

استاد آشنایی با زبان برنامه نویسی R

مهسا احسانی فرد؛ فارغ التحصیل کارشناسی ارشد ژنتیک و متخصص آنالیز داده های بیومدیکال سرطان 

به همراه صدور گواهی مرکز رشد بیوتکنولوژی دانشگاه علوم پزشکی شیراز به زبان انگلیسی

برنامه نویسی R چیست ؟

برنامه نویسی R یک زبان نرم افزاری هست که طیف وسیع و گسترده ای از رشته های تخصصی را شامل میشود. این نرم افزار قابل نصب بر روی سیستم های کامپیوتر به صورت رایگان و قابل دسترس هست. در زمینه های بیولوژی و بایومدیکال جهت آنالیزهای داده های زیست پزشکی، از این برنامه نویسی به طور متنوعی استفاده میشود که موارد تخصصی گسترده ای را شامل میشود.

در ارتباط با روش های تحقیقاتی سامانه ای و سیستمی، یا in-silico، این نرم افزار به طور حرفه ای و اختصاصی برای آنالیزهای متنوع داده ها در رنج وسیعی از آنالیز داده های ترنسکریپتومیکس، ژنومیکس، پروتئومیکس و… در بیماری های انسانی و غیرانسانی به کار میرود.

کاربرد برنامه نویسی R چیست ؟

روش های تحقیقاتی بر پایه ی این نوع برنامه نویسی در زمینه های زیست شناسی سامانه ای (systems biology)  و زیست پزشکی محاسباتی (computational biomedicine) در صنعت بیوانفورماتیک و بیودیتا بسیار حائز اهمیت است.

با آنالیز داده های اومیکس، به ویژه در سرطان ها، روش های تشخیصی و دقت شناسایی بیومارکرها و دلایل بیماری تسهیل می یابد که در فهم دقیق مکانیسم های سلولس و مولکولی بیماری بسیار اهمیت دارد. همچنین، در صنعت دارودرمانی و طراحی های دارویی برای شناسایی دقیق بیومارکرها و بیومولکول ها، روش های آنالیز دیتاهای حجیم (big data) میتواند در کسب نوآوری های درمانی و ابداع تعدیل کننده های دارویی کمک کننده باشد. 

در تحقیقات وابسته به بازاریابی (marketing)، این حرفه میتواند در قالب پروژه و مقالات معتبر بسیار مفید باشد به طوری که امکان کسب درامد به صورت دورکاری ها و انجام پروژه های آنالیزی مقاله محور وجود دارد. در موارد بسیاری، روش های آزمایشگاهی in-vitro با تلفیق روش های آنالیزی و برنامه نویسی به حرفه ای تر شدن مقاله و پروژه کمک بسیاری میکند.

موارد آموزشی دوره آشنایی با زبان برنامه نویسی R

در این کورس آموزشی، آشنایی با برنامه نویسی R و نحوه ی استفاده و همچنین نحوه ی نصب و راه اندازی این نرم افزار به صورت تئوری و عملی در دو جلسه اول به طور کامل آموزش داده میشود. در ادامه ی جلسات کدنویسی های ضروری در محیط نرم افزار به صورت توصیف مفاهیم هر کد در 10 جلسه آموزش داده شده و دانشجوها را از مرحله مبتدی برای پیشبرد آنالیزهای داده ای در آینده آماده میکند، چرا که یادگیری کدنویسی و مفاهیم کدها برای هر محقق در فیلدهای آنالیز داده ضروری ست.

پیش نیاز یادگیری این حرفه فقط علاقه، صبر، و پشتکار زیاد هست به همراه پیش زمینه ای از دانش های زیست شناسی.

سرفصل های دوره آشنایی با زبان برنامه نویسی R

• آشنایی با محیط نرم افزار R
• آموزش کدنویسی های ضروری
• مفاهیم هر کامند و دستورهای کاربردی
• مفهوم و ساخت ماتریکس، دیتافریم، و جداول
• مفهوم وکتور و متغیرها
• مفاهیم متغیرهای کاراکتری و عددی
• نحوه نصب پکیج ها
• نحوه ی مقایسه ی متغیرها با استفاده از باکس پلات های پیش فرض درون R
• ترسیم برخی نمودارهای تعریفی پیش فرض
• توضیحات تکمیلی

توضیحات سرفصل های دوره آشنایی با زبان برنامه نویسی R

۱. آشنایی با محیط نرم افزار R

آموزش نحوه ی دانلود، نصب، راه اندازی، و کارکرد R به همراه توضیحات ابتدایی در رابطه با چگونگی کار با این نرم افزار و اهداف پژوهشی با استفاده از این نرم افزار.

۲. آموزش کدنویسی های ضروری

شروع کدنویسی های ساده و کامندهایی که برای هر کدنویس و علاقه مند به این حرفه ضروری هست، شامل علامت ها و اختصارهای مهم، حروف و نحوه ی نوشتاری در نرم افزار. توضیحات مرتبط با وکتورها و مفاهیم نگارشی.

۳. مفاهیم هر کامند و دستورهای کاربردی

ادامه ی کدنویسی ها بر پایه ی شناخت هر کامند به منظور یادگیری انواع کدهای نوشتاری ساده که به عنوان الفبای کدنویسی R محسوب میشوند.

۴. مفهوم و ساخت ماتریکس، دیتافریم، و جداول

شروع فانکشن های دستوری در قالب ران کردن کدهای دستوری برای ساخت جدول ها به همراه توضیحات انواع جدول های مورد استفاده و چگونگی کابرد آنها.

۵. مفهوم وکتور و متغیرها

توضیحات مرتبط با تولید وکتورها و متغیرها و تفاوت های آنها. توصیف کامندها مواقعی که نیاز به آنها باشد. توصیف متغیرهای اصلی و فرعی.

۶. مفاهیم متغیرهای کاراکتری و عددی

بیان تفاوت کاراکترها و اعداد و چگونگی استفاده از آنها به همراه توضیحات کدهای مرتبط با آنالیزهایی که نیاز به این متغیرها باشد.

۷. نحوه نصب پکیج ها

چگونگی نصب پکیج های مورد نیاز در R و استفاده از آنها

۸. نحوه ی مقایسه ی متغیرها با استفاده از باکس پلات های پیش فرض درون R

توضیحات مرتبط با برخی نمودارهای باکس پلات ئیش فرضی که در R استفاده می شوند .

۹. ترسیم برخی نمودارهای تعریفی پیش فرض

  ترسیم و توضیحات مفاهیم برخی نمودارهای آنالیزی پیش فرض که در R استفاده مشوند و توصیف پایه ای هر نمودار جهت آمادگی برای آنالیز پیشرفتته ی نمودارها در آینده